Ακαδημία
Ο Ηρακλής, έχοντας όραμα δημιουργίας, προχώρησε στην ανάπτυξη και λειτουργία της Ακαδημίας Ποδοσφαίρου.
Μια «κυψέλη» 300 παιδιών - ηλικίας από 6 ως 18 ετών- και δεκα τέσσερις προπονητές προπονητές δουλεύουν κάτω από τις αρτιότερες συνθήκες, με σύγχρονο σχεδιασμό και πρωτότυπη οργάνωση. Απώτερος στόχος είναι η προετοιμασία των παικτών που θα πλαισιώσουν στο σύντομο μέλλον την επαγγελματική ομάδα.
Η λειτουργία της Ακαδημίας είναι δομημένη στη φιλοσοφία που επιτάσσει το σύγχρονο ποδόσφαιρο: Παίκτες με δημιουργικό πνεύμα, άριστο χαρακτήρα, ποιότητα στο παιχνίδι και πνεύμα ευγενικής άμιλλας.
Ο Ηρακλής μέσα από την Ακαδημία Ποδοσφαίρου στοχεύει στη δημιουργία των κατάλληλων συνθηκών ώστε τα παιδιά να μπορέσουν να αθληθούν, να δημιουργήσουν και να καταξιωθούν μέσα από το ποδόσφαιρο.
Η Ακαδημία της Π.Α.Ε. Ηρακλής περιλαμβάνει τα παρακάτω τμήματα:
Οργανωτικός Διευθυντής: Κωνσταντίνος Ηλιάδης
| Τμήμα | Προπονητής/ές |
| Ομάδα Νέων | Βασίλειος Σπυρογιάννης Κωνσταντίνος Κονταργύρης |
| Γ΄ Ομάδα | Χαράλαμπος Μαυρίδης Κωνσταντίνος Φούντας |
| Εφηβικό Τμήμα (1995) | Γεώργιος Παπαδόπουλος |
| Παιδικό A' Τμήμα (1996) | Μαργαρίτης Κεχαγιάς |
| Παιδικό B' Τμήμα (1997) | Χρήστος Σιωπίδης |
| Προπαιδικό Τμήμα (1998-1999) | Απόστολος Παπαβασιλείου |
| Τμήμα Junior (2000-2001) | Αλέξανδρος Κατηκαρίδης |
| Προ-Junior (2002-2003) | Κωνσταντίνος Σκολούδης |
| Bambini (2004-2005) | Εμμανουήλ Χασεκίδης |
| Σχολή τερματοφυλάκων | Αντώνιος Κασάπης |
| Τμήμα Ατομικής Βελτίωσης | Στέφανος Ντινόπουλος |
Ο αριθμός των εγγεγραμμένων παιδιών σε όλα τα τμήματα ξεπέρασε κάθε προσδοκία, αναγνωρίζοντας τη μεθοδικότητα και αποτελεσματικότητα της Διοίκησης και του τεχνικού επιτελείου.
Να σημειωθεί ότι η Ακαδημία της ΠΑΕ ΗΡΑΚΛΗΣ, είναι η μοναδική που διαθέτει Τμήματα ανά ηλικία, για σωστότερη εκμάθηση του αντικειμένου.